はちみつ中には、まれにボツリヌス菌の芽胞が入っていることがあり、乳児ボツリヌス症を発症することがあるからです。

自然界にはボツリヌス菌という細菌が存在しています。ボツリヌス菌の芽胞が赤ちゃんの体内に入ると、腸内で発芽増殖し、毒素を生み出して中毒を起こすことがあります。これを乳児ボツリヌス症といいます。
芽胞は熱に強いので沸騰した程度では死滅しません。このことから、１９８７年厚生省（当時）から１歳までの乳児にははちみつを与えないように通達がありました。
芽胞が死滅する温度で加熱殺菌していない商品については、「１歳未満の乳幼児に与えない」旨の警告表示をすることになっており、１９９８年７月から完全実施されています。
なお、警告表示がないはちみつの入っている商品は、芽胞が死滅する温度での加熱殺菌や、ボツリヌス菌および芽胞が通過できないフィルターを通す処理を行っておりますので、安心してお召上がりいただける状態になっています。